Nach ihren Abenteuern im ersten Teil setzen Sora, Donald und Goofy in KINGDOM HEARTS II ihren Kampf gegen die schattenhafte Bedrohung der Herzlosen fort. Auf seiner Reise trifft das Trio auf bekannte Charaktere aus zahlreichen Disney-Filmen und Square-Spi Der Spieler begleitet die aus "Kingdom Hearts" bekannten Helden Sora, Donald und Goofy auf der Suche nach dem verschollenen König Micky und Soras Freund Riku. Wie schon im ersten Teil stehen dem Spieler im Kampf gegen die "Herzlosen" und "Niemande" auch diesmal wieder unzählige Disney-Charaktere wie zum Beispiel der Pirat Jack Sparrow, die Soldatentochter Mulan, der Löwe Simba, der fliegende Elefant Dumbo, die kleine Fee Tinkerbell, Hercules oder Bambi zur Seite.
Kingdom Hearts II wartet mit einer optisch und akustisch schier unglaublichen Vielfalt von Disney-Welten auf. Egal ob "Port Royal" (die Inselwelt von "Fluch der Karibik"), "Space Paranoids" (die Heimat von "Tron") oder "Timeless River" - jede Welt hat ihre ganz eigene, dichte Atmosphäre. Mit dem "Gummischiff" reist man zwischen ihnen hin und her und muss sich auf diesen Reisen gegen allerlei feindliche Flotten zur Wehr setzen.