Mit der Spielfigur des Neo bewegt sich der Spieler durch die Matrix und kann, im Gegensatz zur Filmvorlage, den Handlungsverlauf im Spiel teilweise variieren. Das eigentliche Ziel, die Zerstörung der Matrix, bleibt jedoch auch im Spiel erhalten. Um es zu erreichen, muss man eine große Anzahl an Gegnern erledigen, denn Soldaten, Ordnungshüter und feindliche Agenten konfrontieren ständig den virtuellen Helden auf seinem Weg durch die Matrix. Um siegreich bleiben zu können, helfen Tritte, Schläge und andere spezielle Kampf- und Tötungsattacken, die erlernt und kontinuierlich ausgebaut werden können.