Black Flag erzählt die Geschichte von Edward Kenway, einem jungen britischen Mann, der weder Gefahren noch Abenteuer scheut und im Dienst der Royal Navy Kaperfahrten durchführt. Als sich der Krieg der bedeutenden Königreiche dem Ende neigt, verschreibt sich Edward der Piraterie. Edward ist ein unerschütterlicher Pirat und erfahrener Kämpfer, der sich schon bald in dem uralten Krieg zwischen Assassinen und Templern wiederfindet. Das Spiel ist in den Anfängen des 18. Jahrhunderts angesiedelt und konfrontiert Spieler mit den berüchtigtsten Piraten der Geschichte, wie etwa Blackbeard und Charles Vane. Asssassins Creed 4: Black Flag nimmt die Spieler mit auf eine spannende Reise zu den Karibischen Inseln in einer turbulenten und brutalen Epoche, die später als das Goldene Zeitalter der Piraten bekannt wurde.