Alice ist verwirrt, denn sie erwacht ohne Gedächtnis in einer Villa. Viel Zeit zum Nachdenken bleibt aber nicht: Nachdem sie auf Matt getroffen ist, stürmt plötzlich eine Gruppe-Elitesoldaten ins Haus. Sie nehmen die beiden mit in den Hive, ein unterirdisches Labor, in dem Wissenschaftler der mächtigen Umbrella Corporation an tödlichen Viren forschen. Von den Soldaten erfahren Alice und Spence, dass sie ebenfalls zum Team gehören. Der Hauptcomputer des Hive, die Red Queen, hat alle Mitarbeiter getötet und ein Gas freigesetzt, dass Alice und Spence an der Erdoberfläche ihr Erinnerungsvermögen kostete. One und sein Team sollen herausfinden, wie es dazu kam.