1999: Bei Bohrungen auf den Philippinen werden Überreste gigantischer Kreaturen gefunden. Etwas entkommt. Kurz darauf kommt es in dem japanischen Atomkraftwerk, bei dem der Amerikaner Joe Brody beschäftigt ist, zu einer Katastrophe. 15 Jahre später ist die Großstadt rund um das Kraftwerk als atomar verseuchtes Sperrgebiet deklariert. Doch Brody glaubt die offizielle Version des Grundes für das Unglück nicht (es soll ein Erdbeben gewesen sein). Als sein beim Militär beschäftigter Sohn Ford nach Japan reist, um seinen Vater zur Heimkehr in die USA zu bewegen, wird er von diesem zu einem letzten Trip in die gesperrte Zone überredet. Dort erkennt Joe Brody die gleichen Warnzeichen wie vor 15 Jahren und bald bricht auch schon das Chaos über die Gegend herein. Ein Monster, das kurz darauf auf den Namen Muto getauft wird und sich von Atomkraft ernährt, hinterlässt eine Schneise der Zerstörung. Während das Monster gen Hawaii zieht, sucht das US-Militär verzweifelt nach einem Weg es zu stoppen. Ichiro Serizawa, der die Urzeitmonster seit Jahrzehnten erforscht, glaubt die einzige Lösung zu kennen: ein sagenumwobenes weiteres Monster und Mutos natürlicher Feind: Godzilla!