Eigentlich erleben die Men in Black einen Arbeitstag wie jeden anderen: Schleimige Aliens zu bekämpfen ist schließlich Alltag für die beiden Agenten. Doch nach einem merkwürdigen Zwischenfall sucht Agent J überall nach seinem Kollegen Agent K. Im Quartier wird im erzählt, dass er bereits seit 40 Jahren tot sei. Irgendwie muss der Lauf der Geschichte verändert worden sein und der Tod von K scheint eine zentrale Rolle für die Pläne einer außerirdischen Invasion zu spielen. Also reist Agent J in die Vergangenheit ins New York der 1960er Jahre, um dort eine jüngere Version von Agent K vor seinem Tod zu retten und somit das drohende Ende der Welt abzuwenden. Erreicht er sein Ziel nicht in 24 Stunden, kann er nie wieder in die Gegenwart zurückkehren...