Nach dem Entkommen aus dem Labyrinth sind Thomas und seine Mitstreiter noch immer nicht in Sicherheit. Stattdessen wartet eine neue Herausforderung auf sie: Betrogen von der geheimnisvollen Organisation WCKD landen sie in der Brandwüste, einer trostlosen Landschaft, in der sie sich erneut unglaublichen Gefahren stellen müssen. Die Gruppe um Thomas verbündet sich mit Widerstandskämpfern, auf die sie treffen, um die schockierenden Pläne der mächtigen Institution WCKD zu enthüllen und das Rätsel, um die Brandwüste und warum sie hier sind zu lösen.