In einem geheimnisvollen Labor wird der Känguru-Katzen-artige Mewtu, das insgesamt 151. Pokémon, von einer Gruppe Wissenschaftler zum Leben erweckt. Er lockt Ash und andere würdige Trainer der kleinen Monster auf eine geheimnisvolle Insel namens New Island, um deren Pokémons zu klonen und so die Weltherrschaft zu erlangen. Es kommt zu einer monumentalen Schlacht, die den Pokémons das Äußerste an Mut und Geschicklichkeit abverlangt. Zum überlebenswichtigen Sieg sind dabei besonders Mews Fähigkeiten gefragt.