Als der Präsident der Vereinigten Staaten nur knapp einem Attentat entgeht, das von einem teleportierenden Mutanten ausgeführt wurde, steht es nicht gut um die Rechte der Mutanten, für die sich Professor Charles Xavier seit jeher einsetzt. Während er zusammen mit Cyclops Magneto in seiner Gefängniszelle aufsucht, da er in ihm den Drahtzieher vermutet, suchen Jean Grey und Storm den vermeintlichen Attentäter. Wie es sich herausstellt, sind sowohl er, Kurt Wagner alias Nightcrawler, als auch Magneto Opfer einer Manipulation geworden. Die Fäden hält ein gewisser General William Stryker in der Hand, der über eine Droge verfügt, die die Mutanten zeitweilig für seine Zwecke gefügig macht. Stryker treibt dabei ein ganz persönliches Motiv an, alle Mutanten zu vernichten.