In der dritten Staffel ist der Kampf um Recht und Kontrolle noch tödlicher als bisher. Weil die Flüchtigen von Indian Hill auf freiem Fuß sind, übernimmt Jim Gordon persönlich die Sache und wird zum Kopfgeldjäger. Aber kann er das wahnsinnige Genie Hugo Strange und dessen abartige Helfershelferin Fish Mooney überhaupt aufspüren? Bullock und Barnes versuchen das Schlimmste zu verhindern, während die Nachwuchs-Superschurken Oswald Cobblepot/Pinguin, Edward Nygma/Riddler, die zukünftige Poison Ivy und Jervis Tetch alias Mad Hatter immer frecher werden. Unterdessen stößt der junge Bruce Wayne auf weitere Geheimnisse bei dem Mord an seinen Eltern, als er die berüchtigte Unterweltorganisation Rat der Eulen entdeckt.