Nach Fisks Verurteilung werden die Mitglieder von drei Verbrecherorganisationen auf brutale Weise getötet. Es stellt sich heraus, dass diese Taten alle von Frank Castle verübt wurden, der von den Medien bald „Punisher“ genannt wird. Die drei Gruppen sind für den Tod von Castles Familie verantwortlich. Nachdem dieser mit Daredevils Hilfe von der Polizei verhaftet werden kann, übernehmen Foggy und Matt seine Verteidigung, als Karen entdeckt, dass Castle keinen fairen Prozess bekommen soll. Während Foggy und Karen hart an Castles Verteidigung arbeiten, wird Matt von seiner Ex-Freundin Elektra abgelenkt. Diese wurde – wie er auch – schon als Kind von Stick zu einer Kämpferin ausgebildet. Gemeinsam bekämpfen sie eine uralte und mysteriöse asiatische Vereinigung, die sich „Die Hand“ nennt.

Zwischen Foggy und Matt entstehen zunehmend Spannungen, da Matts Doppelleben negativen Einfluss auf ihre gemeinsame Arbeit hat. Nachdem sie den Punisher-Prozess spektakulär verloren haben, weil Castle im Zeugenstand überraschend darauf besteht, dass er für seine Taten voll verantwortlich sei, lösen Foggy und Matt ihre Kanzlei auf. Durch die Vermittlung einer alten Freundin wird Foggy in Jeri Hogarths Kanzlei angestellt; Karen, die auch während und nach dem Prozess weiter die Hintergründe zu Castles Taten untersucht, kommt mit Unterstützung von Ben Urichs ehemaligem Chef Mitchell Ellison beim New York Bulletin unter.

Im Gefängnis trifft Castle auf Wilson Fisk, der den Punisher benutzt, um sich eine Machtstellung im Gefängnis zu sichern. Als Gegenleistung erhält Castle Informationen über den Mann, der für den Tod von Castles Familie verantwortlich ist. Fisk lässt Castle aus dem Gefängnis entkommen und Rache nehmen. Elektra und Matt kämpfen – bald unterstützt von Stick – weiterhin gegen die „Hand“. Deren Kopf ist der totgeglaubte Nobu; dieser erklärt Elektra zum „Black Sky“, der ultimativen Waffe der „Hand“. Elektra will sich jedoch nicht von der „Hand“ benutzen lassen und opfert sich im Kampf für Matt.