In der zweiten Staffel werden die von Dexter im Meer entsorgten Leichensäcke von Tauchern gefunden. Das FBI schickt Special Agent Lundy, einen ihrer besten Ermittler, um die Untersuchungen im sogenannten „Bay-Harbor-Metzger“-Fall zu leiten. Als bekannt wird, dass die Opfer selbst Mörder waren, die von der Justiz nicht belangt wurden, wird der noch unbekannte Serienmörder zum Teil in der Öffentlichkeit verehrt. Komplizierter wird die Geschichte dadurch, dass Sgt. Doakes sich das Ziel gesetzt hat, herauszufinden, was an Dexter nicht stimmt. Er beschattet ihn in jeder freien Minute, was Dexters Bewegungsfreiheit erheblich einschränkt.