Der Film erzählt die Vorgeschichte Wolverines mit Augenmerk auf seine mysteriöse Vergangenheit, seine komplexe Beziehung zu Victor Creed und das ominöse Weapon X-Programm. Logan und sein älterer Bruder Victor „Sabretooth“ Creed sind Teil einer Spezialeinheit unter der Leitung von Oberst William Stryker, die nur aus Mutanten besteht. Bei einem Einsatz in einem abgelegenen Dorf kommt es zum Eklat: Weil die anderen Teammitglieder auch Unschuldige hinrichten, steigt Logan aus und setzt sich als Holzfäller in die kanadischen Rocky Mountains ab, wo er sich in die Lehrerin Kayla Silverfox verliebt. Doch der Mutant bleibt nicht lange ungestört. Victor ist offensichtlich durchgedreht und hat sich in den Kopf gesetzt, Logan zu töten. Vorher aber bringt er Kayla um. Logan ist innerlich vollkommen zerstört und sinnt fortan auf Rache. Um Victor zu vernichten, lässt er sich von Stryker das außerirdische Metall Adamantium in Knochen und Krallen spritzten.