Im Jahr 2029 gibt es kaum noch Mutanten. Charles Xavier und Logan müssen versuchen, mit dem Verlust der X-Men zurechtzukommen. Zusätzlich haben die beiden Männer mit ganz eigenen Problemen zu kämpfen, denn während die Alzheimer-Erkrankung von Professor X fortschreitet, bildet sich Logans Selbstheilungskraft langsam zurück.Unterdessen planen Wissenschaftler die Entwicklung einer mächtigen Waffe und sammeln dafür die DNA der wenigen überlebenden Mutanten, die sie finden können. Für Logan gilt es deshalb, sich ein letztes Mal aufzuraffen, um sie zu besiegen und im Zuge dessen ein Mädchen namens Laura zu retten, das ihm sehr ähnlich ist.