Der mächtige Lawrence III will die drei legendären Vogel-Pokémons Lavados, Zapdos und Arktos einfangen, um mit ihnen als Köder das geheimnisumwobene Meeresmonster Lugia, den Wächter der Elemente, zu zähmen. Dadurch stört er aber das Gleichgewicht der Elemente und entfesselt ein Unwetter, das die Erde zu überfluten droht. Dies kann laut einer mystischen Prophezeiung nur Trainer Ash Ketchum verhindern, indem er die auf Feuer-, Blitz- und Eis-Insel verborgenen Kristallkugeln auf dem Berg-Heiligtum der Insel Shamouti zusammenträgt.